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載體DNA的保護(hù)傘——Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase

作者:admin 信息來源:達(dá)科為 日期:20190610 打印 字體:  
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是生物體非常重要的一類蛋白質(zhì),之前小達(dá)君給大家安利了Lucigen的RNase RRNase R——RNase家族的“外貌協(xié)會成員")CircLigase? II ssDNA Ligase“單鏈DNA環(huán)化連接酶——CircLigase? II ssDNA Ligase”)和Fast-Link? T4 DNA Ligase (五分鐘完成粘末端連接?Fast-Link? DNA Ligation Kit,您值得擁有!),今天繼續(xù)給大家介紹一款特色的DNA外切酶,以去除Fosmid等文庫純化過程中細(xì)菌基因組DNA的污染,一起來了解下吧~

Plasmid-Safe?ATP-Dependent DNase在弱堿性pH值條件下,能消化線性雙鏈DNA為脫氧核苷酸。它對于環(huán)狀或線性單鏈DNA效率較低,并且對于缺口或閉環(huán)的雙鏈DNA超螺旋DNA沒有活性。

在質(zhì)粒,粘粒和BAC克隆載體等載體DNA的制備過程中,使用堿裂解法會產(chǎn)生細(xì)菌染色體DNA片段的污染。如果使用某些方法沒有有效的去除污染DNA,那么污染的DNA會連接入克隆載體導(dǎo)致假陽性,高背景或錯誤的測序結(jié)果。實(shí)驗室常規(guī)方法,如純化柱或氯化銫離心不能有效的去除這些污染,因此還需要進(jìn)一步的純化。而Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase可以選擇性的去除質(zhì)粒,粘粒和BAC克隆載體制備中污染的細(xì)菌染色體DNA(圖1)。因此,Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase是純化質(zhì)粒,粘粒和BAC克隆載體的理想選擇。 

應(yīng)用:

  • 在大規(guī)模質(zhì)粒,粘粒和BAC克隆載體制備中去除污染的細(xì)菌染色體DNA

  • 消化線性DNA而不消化帶切口或閉環(huán)的dsDNA或超螺旋DNA(質(zhì)粒,fosmid等)

  • 用作質(zhì)粒,粘粒,fosmid,BAC載體和克隆制備物的最終純化步驟

  • 保護(hù)環(huán)狀dsDNA

測試結(jié)果:

△圖1. 從質(zhì)粒制備物中去除污染的基因組DNA效果圖


泳道1:3ug的Sma I消化的細(xì)菌染色體DNA;

泳道2500ng的未被切割的質(zhì)粒DNA;

泳道3:Plasmid-Safe? DNase處理前,3ug的消化的染色體DNA和500ng未消化的質(zhì)粒DNA;

泳道4:Plasmid-Safe? DNase處理后的染色體DNA和質(zhì)粒DNA混合物;

泳道M:Kilobase ladder;


△圖2.消除產(chǎn)生白色菌落的線性DNA


3ug的EcoR I消化的細(xì)菌基因組DNA中加入2ug含有lacZ的超螺旋質(zhì)粒載體。取一半混合物用Plasmid-Safe? DNase處理;另一半不處理,作為對照。待Plasmid-Safe? DNase熱滅活后,將DNA用EcoR I處理,然后用T4DNA連接酶連接過夜,并轉(zhuǎn)化到感受態(tài)細(xì)胞中,鋪至含有IPTG/X-gal培養(yǎng)基上。用Plasmid-SafeDNase處理的DNA,只有1-3%菌落呈白色,而對照DNA白色菌落數(shù)大于50%。利用Plasmid-Safe? DNase能消除幾乎所有的線性DNA。

產(chǎn)品信息:

產(chǎn)品名稱

規(guī)格

貨號

商城報價

Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase

1,000 U @ 10 U/ul

E3101K

¥1,027

Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase

1,0000 U @ 10 U/ul

E3110K

¥5,421


美國Lucigen公司成立于1998年,提供各類用于分子生物學(xué)相關(guān)產(chǎn)品,可以使研究者成功克隆較難克隆的基因,其在2016年收購了Illumina旗下Epicentre產(chǎn)品線。目前產(chǎn)品類別主要包括:體外轉(zhuǎn)錄、基因克?。˙AC克隆試劑盒)、感受態(tài)細(xì)胞(TG1噬菌體文庫構(gòu)建感受態(tài))、體外擴(kuò)增、轉(zhuǎn)座子突變、蛋白表達(dá)、文庫構(gòu)建等。


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