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擔(dān)心NGS文庫構(gòu)建樣本量不夠?小達(dá)君幫您輕松搞定!

作者:admin 信息來源:達(dá)科為 日期:20190610 打印 字體:  
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“Biu! Biu! Biu!

想要文章高大上,基因測序來幫忙!

文庫構(gòu)建難,難!難?

選對試劑,一切都不是事兒!”

小達(dá)君暖心推薦Diagenode低樣本量文庫構(gòu)建試劑盒,讓小樣本量的基因測序也成為可能!下面,我們就來看看這款試劑盒到底有多優(yōu)秀吧。

 

The MicroPlex Library PreparationTM Kit v2


? 單管操作,只需3步,2小時完成;

? Input只需pg級別;

? 減少潛在的bias——更少的PCR擴(kuò)增反應(yīng);

? 高靈敏度的ChIP-seq——PCR重復(fù)率低;

高通量的靈活性,含有48 barcodes(8 nt);

? 可自動化操作

 簡單快速的操作流程


Fig.1 比較MicroPlex kit和Illumina? TruSeq? kit構(gòu)建文庫的操作流程

MicroPlex ki只需要一次純化,三步即可完成。而Illumina?的工作流程需要純化多次,經(jīng)過5步才能完成。

 

只需少量起始樣本量—— 50pg DNA


Fig.2 片段化的dsDNA, input范圍從50pg至50ng,通過快速簡單的3-step protocol,在Illumina?NGS平臺制備測序文庫。擴(kuò)增純化后的文庫用于測序。Kit里面的indexing試劑,可在每條測序通道進(jìn)行12個樣本的測序。

 

從少量起始樣本中獲得高品質(zhì)的測序數(shù)據(jù)


Fig.3  對ChIP-seq富集產(chǎn)物的可靠檢測,并與ChIP-seq參考數(shù)據(jù)完美匹配。

A、用Diagenode的H3K4me3抗體、True MicroChIP Kit進(jìn)行ChIP實驗,10000個細(xì)胞中ChIP下來17pg DNA,對照組35pg DNA。IP下來的DNA用MicroPlex Library Preparation Kit擴(kuò)增并被轉(zhuǎn)化為可用于Illumina?平臺測序的文庫,通過IlluminaR Genome Analyzer分析文庫,根據(jù)說明書進(jìn)行簇生成和測序。

B、觀察到前40%的ChIP peaks與參考dataset間完美匹配?;贜IH Encode項目規(guī)范,如果前40%的peaks與對比dataset有至少80%的重疊比例,ChIP-seq 的結(jié)果被認(rèn)為是original 和reproduced dataset間有重合性。

 品牌簡介

Diagenode公司2003年成立于比利時,是世界上生產(chǎn)表觀遺傳學(xué)產(chǎn)品的知名公司。其產(chǎn)品包括聲波破碎機(jī)(Bioruptor?),自動化系統(tǒng)(IP-Star?),染色質(zhì)免疫沉淀反應(yīng)(ChIP)和DNA甲基化分析,高質(zhì)量的抗體,是表觀遺傳學(xué)、生物樣本制備和診斷的完整表觀遺傳學(xué)解決方案的領(lǐng)先供應(yīng)商。

產(chǎn)品信息

產(chǎn)品貨號

產(chǎn)品名稱

規(guī)格

品牌

C05010012

MicroPlex Library Preparation kit v2 x12 (12 indices)  

12 rxns

Diagenode

C05010013

MicroPlex Library Preparation kit v2 x 48 (12 indices)  

48 rxns

C05010014

MicroPlex Library Preparation kit v2 x 48 (48 indices)  

48 rxns

C01010131

True MicroChIP & MicroPlex Library Preparation Package  

16 ChIP rxns and 12 library prep rxns


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